Le site archéologique d'Ampurias a été complètement oublié pendant tout le Moyen-Age pratiquement jusqu'à la Renaissance.
L'histoire de la découverte remonte à quelques ouvrages qui nous sont parvenus sans qu'il n'y eut vraiment de fouilles archéologiques à l'époque.
La première mention remonte à 1545 dans un ouvrage historique sur l'antiquité de l'Espagne publié par le cardinal Magariti Pau évêque de Gerone. C'est lui qui arrêtera la confusion entre l'antique cité d'Ampurias en bord de mer et la ville de Castello d'Ampurias située plus à l'intérieur des terres, ville établie au moyen-âge et que l'on avait longtemps confondue avec l'antique cité grecque.
En 1609, Pujades évoquera la ville d'Ampurias dans son ouvrage « Cronica de Catalunya".
En 1660, Pere de Marca évêque de Toulouse d'origine espagnole écrira un ouvrage "Marca Hispanica " avec quelques pages concernant Ampurias.
En 1757, le père Enrique Florez évoquera lui aussi Ampurias dans son ouvrage "Colonias Antiguos de Espana " .
Enfin en 1823, Jaubert de Passa fera une note historique sur la ville d'Ampurias.
Et en 1883, Pella i Forgas parlera d'Ampurias dans son "Historia del Empurdan".
Le site archéologique est important, il fait environ 30 hectares. On note que 40 % restent encore à explorer essentiellement dans la partie romaine !
Les premières campagnes de fouilles ne débuteront de façon plus ou moins clandestine qu'en 1846. Certains objets apparaissent sur le marché et attirent la curiosité du musée de la ville de Gerone. Certains objets seront ainsi rachetés pour être exposés dans le musée de cette ville.
Les fouilles réelles ne commencent qu'en 1908 par Joseph Puig y Cadafalch du musée de Barcelone, ce musée étant établi à Montjuig dans l'ancien palais de la "Ciutadella".
Joseph Puig y Cadafalch à ce moment là eut une idée très profitable pour l'avenir du site.
Celui-ci préconisa l'achat par Barcelone des 50 hectares du terrain en bord de mer pour éviter des constructions et des fouilles clandestines. Il emporta la décision difficilement car certains estimaient qu'il suffisait de se contenter d'acheter les divers objets trouvés qui apparaissaient sur le marché.
Grâce à cette remarquable intuition et action, le site d'Ampurias sera donc définitivement protégé et nous est ainsi parvenu intact à travers les siècles.
Les travaux de fouilles commencèrent en 1909 dirigés par Emili Gandia qui était alors conservateur au musée de Barcelone, c'est à ce moment là que la statue d'Asclépios fut mise à jour le 25 octobre 1909. On trouva ensuite différentes statues mais brisées en particulier la tête d'une statue d'Aphrodite et d'une statue de Poséidon.
A partir de ce moment là, la muraille grecque de la zone des temples fut mise à jour mais les fouilles ne concernèrent que la couche superficielle archéologique.
L'ancien couvent des moines Servites du 18e siècle qui était totalement abandonné sans toiture, fut restauré pour y établir un musée sur place.
Une nouvelle campagne de fouilles fut débutée en 1932 mais celle-ci fut interrompue par la guerre civile d'Espagne.
Les travaux de fouilles ne reprirent que tardivement après la deuxième guerre mondiale en 1962 puis en 1981, ceux-ci dirigés par le professeur RIPOLL.
Enfin, en 1985 une nouvelle campagne de fouilles permit de bien préciser les différentes couches archéologiques ainsi que les différents sanctuaires des Dieux Guérisseurs de la zone sacrée de la Néapolis.
Actuellement, les fouilles continuent et sont maintenant orientées vers la ville romaine sur le plateau avec mise à jour des maisons et des voies autour du forum.